中國聯(lián)合工程公司的核心單位即公司本部的前身——機械工業(yè)第二設(shè)計研究院，至今已有七十年歷史。

1952年初，華東軍政委員會工業(yè)部（簡稱華東工業(yè)部）在上海分別成立了華東機械設(shè)計處和華東電器設(shè)計處。

1952年底，國家調(diào)整工業(yè)管理體制，撤銷華東工業(yè)部。華東機械設(shè)計處和華東電器設(shè)計處分別歸屬于中央人民政府第一機械工業(yè)部機械工業(yè)局和電器工業(yè)局。

1953年3月10日，中央人民政府第一機械工業(yè)部發(fā)布第19號令，決定設(shè)立設(shè)計總局，在上海設(shè)立第二設(shè)計分局，由華東機械設(shè)計處、華東電器設(shè)計處等為主要組成力量。

1958年4月1日，第二設(shè)計分局改名為第一機械工業(yè)部第二設(shè)計院。

1981年6月2日，改名為第一機械工業(yè)部第二設(shè)計研究院。

1982年8月18日，改名為機械工業(yè)部第二設(shè)計研究院。

1987年4月4日，改名為國家機械工業(yè)委員會第二設(shè)計研究院。

1988年12月２日，改名為機械電子工業(yè)部第二設(shè)計研究院。

1993年5月14日，恢復(fù)為機械工業(yè)部第二設(shè)計研究院。

1999年7月8日，改名為國家機械工業(yè)局第二設(shè)計研究院。

2001年2月19日，改名為機械工業(yè)第二設(shè)計研究院。

2001年10月25日，以機械工業(yè)第二設(shè)計研究院為核心，聯(lián)合機械工業(yè)第三設(shè)計研究院、機械工業(yè)第五設(shè)計研究院、機械工業(yè)第十一設(shè)計研究院和機械工業(yè)勘察設(shè)計研究院，重組成立中國聯(lián)合工程公司，在國家工商行政管理總局完成工商注冊。

2001年12月17日，中國聯(lián)合工程公司在杭州正式揭牌。

2017年11月30日，中國聯(lián)合工程公司更名為中國聯(lián)合工程有限公司。